Биоинформатика
В последние годы молекулярная биология переживает смену парадигмы — она становится, точнее, уже стала, наукой, богатой данными. Впервые оказывается возможным посмотреть на работу клетки в целом, проанализировать одновременно все метаболические пути или регуляторные взаимодействия. Биоинформатика является ключевым источником нового знания, получаемого из массовых, так называемых «омиксных» данных. При этом не просто решаются технические вопросы хранения и передачи огромных объемов данных, но и разрабатываются методы, позволяющие делать на основе этих данных содержательные биологические утверждения. С другой стороны, анализ таких данных позволяет предсказывать функции конкретных генов и то, как регулируется их работа.
В конечном счете, использование биоинформатических методов позволяет предсказывать свойства организма по его геному: эта задача уже может быть решена для бактерий. С фундаментальной же точки зрения, биоинформатика смыкается с молекулярной эволюцией и сравнительной геномикой в попытках понять механизмы эволюции белков, генов, регуляторных сетей и целых геномов.
Темы платформы
- data analysis in molecular biology,
- bioinformatic algorithms,
- transcriptomics,
- regulation of gene expression,
- RNA secondary structure,
- chromatin 3D structure,
- functional annotation of genes and genomes,
- comparative genomics,
- molecular evolution.
Понедельник, 18 сентября, 17.00–19.00
Руководитель: Михаил Гельфанд, Андрей Миронов
| 17.00–17.40 | CHiMAERa: инструмент для интерпретируемого предсказания карт Hi-C. Школиков Алексей. |
| 17.40–18.00 | Изменение структуры хроматина в процессе эволюции. Каштанова Анастасия. |
| 18.00–18.20 | Влияние изменения уровня ацетилирования на структуру хроматина в клеточной линии дрозофилы. Роль нуклеопорина Элис в поддержании структуры хроматина. Кононкова Анна. |
| 18.20–18.40 | Сравнение данных РНК-ДНК контактов из разных экспериментов. Рябых Григорий. |
| 18.40–19.00 | Масштабный сравнительный анализ данных РНК-белковых и РНК-хроматиновых взаимодействий. Хлебников Даниил. |
Среда, 20 сентября, 14.00–15.40
Руководитель: Михаил Гельфанд
| 14.00–14.20 | Novel approach to estimating biological age from single-cell omics data. Ефимов Евгений. |
| 14.20–14.40 | scATAC-seq preprocessing and imputation evaluation system for transcription factors binding sites. Ахтямов Павел |
| 14.40–15.20 | Antisense and divergent transcription in bacteria: an example of the uxuR locus. Тутукина Мария. |
| 15.20–15.40 | Genomics-Based Reconstruction and Predictive Profiling of Pectins utilization in the Human Gut Microbiome. Ашниев Герман. |
Среда, 20 сентября, 16.10–17.30
Руководитель: Михаил Гельфанд
| 16.10–16.30 | Создание базы данных о наличии роторных АТФ-синтаз в геномах прокариот. Литвин Анна. |
| 16.30–17.10 | АльфаФолд и его последствия для структурной биоинформатики. Иванков Дмитрий. |
| 17.10–17.30 | Полногеномный анализ большой выборки вирусов клещевого энцефалита выявил выраженную популяционную. Клинк Галина. |
Биоинформатика: Постерные доклады
Б1. Сравнение двух подходов в глубоком обучении в задачах диагностики заболевания по ЭКГ на наборе данных PTB-XL. Вячеслав Разин.
Б2. Методы машинного обучения в задачах диагностики заболевания по ЭКГ на наборе данных PTB-XL. Вячеслав Разин.
Б3. BaRDIC — новая процедура поиска взаимодействий РНК-ДНК. Богомаз Олеся.
Б4. Обработка полногеномных данных РНК-хроматиновых взаимодействий для неканонических организмов. Марков Иван.
Б5. Влияние экзон-интронной структуры генов-мишеней на контактируемость нкРНК. Компаниец Мария.
Б6. Определение и анализ экспрессии альтернативных сайтов начала транскрипции. Филатова Анастасия.
Б7. Сравнительный анализ результатов эксперимента RD-SPRITE. Васильев Артем.
Б8. Universal protocol for data analysis of RNA-chromatin interactions. Ильницкий Иван.
Б9. Моделирование структуры и филогенетический анализ транскрипционного фактора YihW из Escherichia coli. Рыбина Анна.
Б10. Построение шкал генетического риска для липидных профилей у больных семейной гиперхолестеринемией. Зайченока Мария.
Б11. Оптимальная аппроксимация функции пангеномного генного спектра. Левина Татьяна.
Б12. Discovering the function of lncRNAs in the regulation of cell subpopulations at the single-cell level. Будкина Анна.
Б13. Длинная некодирующая РНК CTD-2587H24.5 является цис- и транс-регулятором экспрессии генов. Маракулина Дарья.
Б14. Поиск геномных маркеров холодоустойчивости на примере комара-звонца Diamesa permacra (Walker, 1856) (Diptera: Chironomidae) – обитателя холодных водотоков. Дрозд Яна.
Б15. Расстояния между персистентными диаграммами расположения клеток могут отражать фенотипические различия между тканями. Фаворов Александр.
Б16. Ортологи хроматин-ассоциированных РНК. Гаркул Лидия.
Б17. Разнообразие белков высоковариабельных семейств в Streptococcus и Wolbachia. Драненко Наталия.
Б18. Transcriptome Dynamics of Insect Metamorphosis. Озерова Александра.
Б19. Поиск РНК, ассоциированных с пространственными структурами хроматина. Звездин Дмитрий.
Б20. Анализ влияния топологически ассоциированных доменов на локализацию РНК на хроматине в раз-ных клеточных линиях. Тюкаев Артем.
Б21. Polychroma: изучение хроматина разных организмов. Жегалова Ирина.
Б22. Поиск дупликаций в эволюционной истории Т-боксов. Григорашвили Елизавета.
Б23. Сравнение состава субпопуляций опухоль-инфильтрирующих CD4+ T клеток для колоректального рака и аденокарциномы легкого. Агаева Зарифа.
Б24. Регуляция транскрипции генов yih-кассеты в различных штаммах E. coli. Бессонова Татьяна.